Για λόγους αυστηρά προσωπικούς και επαγγελματικούς, όπως έχει εξηγήσει στον πρωθυπουργό και στον Υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης, ο Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Νίκος Στουπής υπέβαλε την παραίτησή του και ο οποίος δήλωσε:

"Για λόγους ανυπέρβλητους, αυστηρά προσωπικούς και επαγγελματικούς, είχα διατυπώσει προς τον Υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και τον Πρωθυπουργό της χώρας  αίτημα αντικατάστασης από την θέση του Γενικού Γραμματέα εδώ και σαράντα μέρες. Οποιαδήποτε διαφορετική ερμηνεία της επιλογής μου αυτής δεν έχει ουδεμία  βάση.

Στον ένα κοντά χρόνο πολιτικής ευθύνης που λειτούργησα – αρχικά σαν Πρόεδρος του ΕΛΓΑ και στην πορεία ως Γενικός Γραμματέας του ΥΠΑΑΤ-, προσπάθησα  διαθέτοντας όλο μου το χρόνο και τα ψυχικά μου αποθέματα  να  υπηρετήσω  την συμφωνημένη Κυβερνητική Πολιτική διεξόδου από την μνημονιακή κρίση της χώρας, με το λαό μας όρθιο, και  δημιουργίας προϋποθέσεων για την παραγωγική της ανασυγκρότηση .

Πιστεύω απόλυτα στην μακροημέρευση της Κυβέρνησής μας και σε θετικά αποτελέσματα των ιστορικών ευθυνών που έχει αναλάβει. Ευελπιστώ σε επόμενη φάση να έχουν εκλείψει οι αιτίες των προβλημάτων που με απασχολούν και να ξανασυμμετάσχω ενεργά και ανεξαρτήτου θέσεως στην συλλογική μας προσπάθεια.

Ευχαριστώ θερμά τον Πρωθυπουργό, και τον φίλο από τα παλιά, συντοπίτη μου Υπουργό Βαγγέλη Αποστόλου για την εμπιστοσύνη που μου έδειξαν αναθέτοντάς μου τα συγκεκριμένα καθήκοντα.

Ευχαριστώ ιδιαίτερα τους συνεργάτες μου που συνέδραμαν το έργο μου, και όλο το προσωπικό του Υπουργείου – ιδιαίτερα τους  έχοντες  θέσεις ευθύνης – για την γόνιμη και ειλικρινή συνεργασία.

Ευχαριστώ τον γεωτεχνικό κόσμο για την συμπαράσταση του σε όλο το διάστημα της θητείας μου και τους αγρότες για τον τρόπο που με αντιμετώπισαν.

Σε όλους αυτούς μια υπόσχεση έχω να δώσω. Θα συνεχίσω με τις ιδέες, τις απόψεις και τις δράσεις μου να στέκομαι δίπλα συμπαραστάτης τους".

Ο Βαγγέλης Αποστόλου για την παραίτηση Στουπή 

"Είναι απώλεια για το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης η αποχώρηση του Νίκου Στουπή, για λόγους προσωπικούς και επαγγελματικούς, από τη θέση του Γενικού Γραμματέα.

Στο διάστημα που υπηρέτησε την κυβέρνηση από το κρίσιμο  αυτό πόστο δούλεψε σκληρά και κυρίως αποτελεσματικά.

Αλλά και από εδώ και πέρα, προσβλέπω στη συμβολή του, έστω και άτυπα. Δεν θα σταματήσουμε να συνεργαζόμαστε.

Άλλωστε με το Νίκο Στουπή με συνδέουν πολιτικοί αλλά και προσωπικοί δεσμοί και είμαι βέβαιος ότι θα μας δοθούν και στο μέλλον πολλές ευκαιρίες κοινών αγώνων".